1. Согласно Федеральному закону «Об альтернативной гражданской службе» заявление на АГС вместе с приложениями должно быть подано в военкомат минимум за 6 месяцев до начала того призыва, в котором оно должно быть рассмотрено. То есть если вы попадаете под весенний призыв, то заявление должно быть подано до 1 октября, за полгода до начала призыва.
Закон законом, но есть и другая сторона этого момента. Конституционный суд РФ одним из своих решений указал, что пропуск сроков подачи заявления на АГС не является причиной для отказа в принятии и рассмотрении заявления призывника. Из этого следует, вы можете подать заявление на прохождение АГС в любое время. Укажите причину, по которой вы пропустили срок и попросить призывную комиссию признать её уважительной и восстановить срок.

2. По закону призывника можно отправить проходить АГС в любой регион, но на практике такое практически не случается и обычно альтернативщики служат в своем регионе и живут у себя дома. Так как если альтернативщика отправить проходить АГС в другой регион, то государство ему должно оплачивать транспортные расходы, в том числе для прохождения отпусков, и предоставлять жилье. А государству этого делать не хочется, оно любит экономить и поэтому почти всех оставляет проходить АГС в своих регионах.